由于医疗垃圾具有全空间污染，急性感染和潜在污染的特征，因此其中所含微生物的危害性是普通生活垃圾的数十倍，数百倍甚至数千倍。如果处理不当，将成为医院感染和社会感染。更严重的可能成为流行病的源头。医疗垃圾包含不同程度的病毒和有害物质。此外，废物中的有机物不仅会滋生蚊子和苍蝇，导致疾病传播，而且在腐败分解过程中还会释放出诸如氨气(NH3)和硫化氢(H2S)之类的恶臭气体，产生多种有害物质，污染大气，危害人体健康;它也是医院中交叉感染和空气污染的主要原因。医疗垃圾引起的交叉感染占社会交叉感染率的20%。

　　污染环境

　　未经处理的医疗垃圾暴露于外部：医疗垃圾对大气，地下水，地表水和土壤具有污染作用。露天垃圾堆会释放大量有害气体，例如氨和硫化物，严重污染了大气。其中，垃圾分解产生的多氯联苯有害物质。

　　雨水和渗滤液的生物水解作用会产生医疗垃圾携带的病原体，重金属和有机污染物，会对地表水和地下水造成严重污染。垃圾渗滤液中的重金属在降雨的浸出和冲刷作用下进入土壤，引起土壤中重金属的积累和污染。医疗垃圾处理不当也会对环境造成二次污染。

　　人类健康

　　医疗垃圾中有许多病原微生物，通常是蚊子，苍蝇，蟑螂和老鼠的繁殖地。这些可以通过生活在垃圾中的生物传播给人类。医疗垃圾中也可能存在有害物质，例如化学污染物和放射性，这是极其危险的。如果对直接接触医疗垃圾的员工的管理和培训不是很严格，可能会造成更大的伤害。

　　有人将大量病人使用的输液器和塑料便盆出售给塑料加工厂生产日用品，然后在超市出售。药贩交易商以低廉的价格在平民手中购买了过期药品，修改了批号并重新包装后，他们又一次获利。有人私下将用过的一次性医疗器械出售给各个供应商，对其进行处理，然后将其出售给各个诊所以供重复使用。